หลักการรักษาในปัจจุบัน
 
ให้สารทดแทน
ในสิ่งที่ร่างกายไม่สามารถสร้างได้เพียงพอเนื่องจากเซลล์ที่สร้างสารนั้นถูกทำลาย เช่น ให้อินซูลินในรายที่เป็น IDDM ให้ไทรอกซินในรายที่เป็น Hashimoto's thyroiditis แล้วเกิดสภาพ hypothyroidism
 
รักษาตามอาการ
เพื่อให้ผู้ป่วยมีคุณภาพชีวิตที่ดีที่สุด เช่น ให้ยากันแดด และยาสเตียรอยด์ครีมทาในรายที่เป็น SLE ทางผิวหนัง ให้ยาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ หรือยาแก้ปวด ในรายที่ปวดข้อ ปวดกล้ามเนื้อ แนะนำให้ผู้ป่วยพักผ่อนให้เพียงพอ หลีกเลี่ยงความเครียด หลีกเลี่ยงยาที่อาจทำให้อาการกำเริบ ดูแลรักษาตนเองให้ดี อย่าให้เป็นโรคติดเชื้อและควรออกกำลังกายอย่างเหมาะสม ไม่หักโหมเกินไปโดยสม่ำเสมอ
 
ให้ยาควมคุมและต้านการอักเสบ
ซึ่งอาจต้องใช้ต่อเนื่องกันเป็นระยะเวลาหนึ่ง เพื่อควบคุมให้โรคสงบลง เช่น ยาต้านมาลาเรีย dapsone colchicine เพื่อลดการอักเสบที่เนื้อเยื่อต่างๆ ในรายที่เป็นมากอาจให้ยาที่จะกำจัดหรือกดปฏิกิริยาทางภูมิคุ้มกันที่ก่อให้เกิดโรคโดยไม่ทำให้ภูมิคุ้มกันปกติถูกทำลายไปด้วย แต่ในปัจจุบันการรักษาโรคนี้ยังเป็นการลดภูมิคุ้มกันแบบไม่จำเพาะ ตัวอย่างของสารกดภูมิต้านทานที่ใช้ในปัจจุบัน ได้แก่ Corticosteroid, Azathioprine, Cyclophosphamide โดยจะเป็นการกดระบบภูมิคุ้มกันทั้งหมด ดังนั้นผู้ที่ได้รับการรักษาอาจมีผลข้างเคียง ได้แก่ การติดเชื้อง่าย หรืออาจเกิดมะเร็งได้ ยาที่ใช้รักษาที่มีความจำเพาะมากขึ้นอีกระดับหนึ่งคือ Cyclosporin A ซึ่งมีฤทธิ์ยับยั้งการส่งสัญญาณผ่าน T cell receptor เมื่อ T cell ถูกกระตุ้น จึงยับยั้งเฉพาะการทำงานของ Activated T lymphocytes เท่านั้น
 
การรักษาโดยวิธีอื่นๆ
ได้แก่การตัดต่อมไทมัส ในผู้ป่วยโรค Myasthenia Gravis โดยพบว่าการตัดต่อมไทมัสจะสามารถลดความรุนแรงของโรคได้ การเปลี่ยนถ่ายพลาสมา (Plasmaphresis) ด้วยเครื่อง Continuous flow centrifugation จะช่วยลดปริมาณ Autoantibodies ในร่างกายของผู้ป่วยได้อย่างรวดเร็ว และช่วยให้มีอาการดีขึ้นได้ ใช้ในการรักษาโรค SLE, RA, Myasthenia gravis, หรือ Graves' disease รวมทั้งใช้ในการรักษาทารกที่เกิดโรคเนื่องจากได้รับ Autoantibodies ผ่านมาจากมารดาด้วย (รูปที่ 28) การรักษาที่เหลือส่วนใหญ่เป็นการรักษาตามอาการเพื่อให้ผู้ป่วยมีคุณภาพชีวิตที่ดีที่สุด เช่นการให้ยาแก้ปวดต่างๆ เป็นต้น
 
รูปที่ 28
Autoantibodies ชนิด IgG สามารถผ่านจากมารดาไปสู่ทารกในครรภ์ได