การวินิจฉัยทางชีวโมเลกุล
ที่นำมาใช้ประโยชน์ในการคลินิก มีดังนี้
1. EBER in situ hybridization EBER (EBV-encoded RNA) เป็นผลิตภัณฑ์ของไวรัสที่สร้างขึ้นเป็นจำนวนมากในระดับสิบล้านโมเลกุล ในแต่ละเซลล์ที่ติดเชื้อ พบได้ในโรคที่เกี่ยวข้องกับ EBV เกือบทุกโรค ยกเว้น oral hairy leukoplakia และ gastric carcinoma การทำ in situ hybridization คือการนำเอา oligonucleotide (ในที่นี้คือสาย DNA สั้นๆ) ที่จับกับ EBER แบบจำเพาะ (complementary) มาตรวจหาว่าในชิ้นเนื้อที่ตัดออกมาจากผู้ป่วยนั้น ติดเชื้อ EBV หรือไม่

2. immunohistochemistry คือการย้อมชิ้นเนื้อด้วยแอนติบอดีย์ ที่จำเพาะต่อโปรตีนของไวรัส โปรตีน (แอนติเจน) ของ EBV ที่นิยมตรวจหาคือ latent membrane protein 1 (LMP1) เพราะมีการแสดงออกและตรวจพบได้ ในโรคหลายชนิดที่เกี่ยวข้องกับ EBV และแอนติบอดีย์ที่ใช้ มีคุณภาพเชื่อถือได้

3. serum/plasma หรือ PBMC viral load เป็นการวัดความหนาแน่น (ปริมาณของไวรัสต่อหนึ่งหน่วยปริมาตรหรือน้ำหนักของส่วนประกอบของเลือด) ของ free virion ในซีรั่มหรือพลาสมา หรือใน peripheral blood mononuclear cell (PBMC) สาเหตุที่ต้องมีการวัดปริมาณหรือความหนาแน่นของไวรัส แทนที่จะเป็นการตรวจหาว่ามีไวรัส EBV เฉยๆ ว่าปรากฎอยู่ในเลือดหรือไม่ (เช่นด้วยการทำ polymerase chain reaction-PCR ด้วยวิธีปรกติ) เป็นเพราะว่า EBV มีปรากฎอยู่ในคนปรกติส่วนใหญ่ดังกล่าวแล้ว แต่ในคนที่เป็นโรคที่เกี่ยวข้องกับ EBV บางโรค จะพบปริมาณไวรัสในเลือดเพิ่มขึ้น โรคที่มีการศึกษาดังกล่าวแล้ว ได้แก่ nasopharyngeal carcinoma, posttransplant lymphoproliferative disease (PTLD), และ chronic active EBV (CAEBV) เป็นต้น
ปัจจุบัน การตรวจทางชีวโมเลกุลดังกล่าว ทำได้เฉพาะในโรงพยาบาลใหญ่ๆ บางแห่งเท่านั้น