บทสรุป
อาจสามารถสรุปข้อดีข้อเสีย ของการนำ PCR มาใช้ในการวินิจฉัยโรคติดเชื้อได้ดังนี้
ข้อดี ข้อจำกัด
มีความไวสูง (high sensitivity) อาจเกิด false-positive ได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้ามีปัญหา contamination ในห้องปฏิบัติการ
มีความจำเพาะสูง (high specificity) อาจเกิด false-negative ได้ ถ้ามีสาร PCR inhibitor อยู่ในสิ่งส่งตรวจ
มีความแม่นยำและเชื่อถือได้ (good reproducibility) การแปลผล positive result ต้องทำด้วยความระมัดระวังในบางกรณี เช่น การตรวจพบไวรัสที่มี latency และ reactivation ได้ (EBV, CMV, etc.)
สามารถใช้ตรวจเชื้อ ที่ใช้วิธีอื่นตรวจไม่ได้ เช่น เชื้อที่ยังเพาะไม่ได้ หรือกรณีที่ผู้ป่วยได้รับยารักษาแล้ว เช่น HSV encephalitis หลังได้ acyclovir ข้อจำกัดทางเทคนิคและค่าใช้จ่าย หากจะเปิดบริการขึ้นใหม่ อาจต้องลงทุนสูงในระยะแรก ในเรื่องของการอบรมบุคลากร, เครื่องมือ, น้ำยา, และมาตรการป้องกัน contamination
ได้ผลตรวจอย่างรวดเร็วภายในเวลาเป็นชั่วโมง  
PCR มีประโยชน์ใช้สอยที่เด่นชัดหลายประการ ดังกล่าวแล้ว แต่ในขณะเดียวกัน วิธีการตรวจโดยใช้ molecular technique ต่างๆ รวมทั้ง PCR คงไม่สามารถมาทดแทนวิธีการเพาะเชื้อแบบดั้งเดิมได้ทั้งหมด ซึ่งยังมีความจำเป็นในหลายๆ กรณี เช่น การนำเชื้อมาทดสอบความไวต่อยา ไม่ว่าจะเป็นยาที่ใช้ในปัจจุบัน หรือยาที่เพิ่งได้รับการพัฒนาใหม่ๆ, การนำเชื้อมาใช้ในกรณีอื่นๆ เช่น การศึกษาสายพันธุ์ การค้นหากลไกการดื้อยาใหม่ๆ หรือการศึกษาพยาธิกำเนิดของโรค เป็นต้น PCR หรือวิธีการทางชีวโมเลกุลใหม่ๆ แม้ว่าจะมีความรวดเร็ว และข้อดีอื่นๆ อีกหลายประการ แต่ก็มีข้อจำกัดอยู่ที่ค่าใช้จ่ายที่ค่อนข้างสูง และการแปลผลต้องทำด้วยความระมัดระวัง ก่อนที่สถานพยาบาลแต่ละแห่งจะตัดสินใจนำ PCR มาใช้บริการในการทดสอบเชื้อใด ไม่ว่าจะเป็น commercial kit หรือ in-house (home-brew) PCR ควรจะมีข้อมูลของความไว ความจำเพาะ หรือ PPV และ NPV (positive & negative predictive value) ของการทดสอบนั้นๆ ไว้พร้อมสำหรับการแปลผล เพื่อใช้ประโยชน์ให้คุ้มค่าที่สุด