รูปที่ 3 แสดงหลักการทำงานของ SPA/SXA โดย ก.บน แสดงวิธีการสแกนต้นแขนในอากาศ ซึ่งแหล่งกำเนิดรังสีและหัวรับรังสีจะเคลื่อนไปด้วยกัน ก.ล่าง แสดงถึงการดูดกลืนรังสีของการสแกนในภาพ ก.บน ส่วน ภาพ ข.บนและล่าง แสดงวิธีการสแกนต้นแขนในน้ำ และแสดงถึงการดูดกลืนรังสีของการสแกน ซึ่งการดูดกลืนรังสีในบริเวณน้ำและเนื้อเยื่อจะเท่ากันใช้เป็น baseline ในการแยกส่วนของกระดูกออกจากเนื้อเยื่อ