โรคภูมิต้านเนื้อเยื่อของตนเอง ส่วนใหญ่เป็นโรคเรื้อรังที่มีความหลากหลายในด้านความรุนแรง และการดำเนินโรค ตลอดจนการตอบสนองต่อการรักษา ดังนั้นจึงต้องพิจารณาเลือกการรักษาให้เหมาะสมกับผู้ป่วยแต่ละราย โดยคำนึงถึงผลประโยชน์ของยาที่รักษา และพยายามหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ของยาด้วย เป้าหมายหลักของการรักษาโรคภูมิต้านเนื้อเยื่อของตนเองคือ ความพยายามที่จะกำจัด หรือกดปฏิกิริยาทางภูมิคุ้มกันที่ก่อให้เกิดโรค โดยไม่ทำให้ภูมิคุ้มกันปกติของร่างกายต่อจุลชีพ หรือสิ่งแปลกปลอมอื่นๆ ถูกทำลายไปด้วย